Më 14 gusht 1775, me dekretin e Perandoreshës Ruse Katerina II, Sich Zaporozhye u shfuqizua përfundimisht. Pas ribashkimit të një pjese të konsiderueshme të Rusisë së Vogël me shtetin rus në 1654, privilegjet iu shtuan ushtrisë Zaporozhye, të cilat i gëzonin trupat e tjera kozake ruse. Kozakët e Zaporozhye luajtën një rol të rëndësishëm. Kozakët mbrojtën kufijtë jugorë të Rusisë, luajtën një rol të spikatur në luftërat me Khanatin e Krimesë dhe Perandorinë Osmane. Prandaj, Kozakët ruajtën një autonomi të caktuar nga qeveria qendrore. Sidoqoftë, Kozakët mbrojtën të arratisurit që ishin fshehur në Zaporozhye Sich nga persekutimi i autoriteteve cariste. Për më tepër, ekzistonte rreziku i një revolte kundër qendrës, një aleancë me armiqtë e jashtëm të Rusisë.
Kështu, në 1709, atamani koshevoy Kost Gordienko dhe hetman Mazepa nënshkruan një marrëveshje aleate me mbretin suedez Charles XII. Sich Zaporizhzhya u bashkua me aleancën e Mazepa dhe Karl kundër Rusisë. Pati disa përplasje midis Kozakëve dhe trupave ruse. Pjetri i jep urdhër Princit Menshikov të lëvizë tre regjimente nga Kievi në Sich nën komandën e Kolonel Yakovlev në mënyrë që të "shkatërrojë të gjithë folenë e protestuesve". Sich u shkatërrua, dhe më vonë Pjetri nuk lejoi që ajo të rindërtohej. Kozakët e themeluar në tokat e kontrolluara nga turqit dhe tatarët e Krimesë, Kamenskaya (1709-1711) dhe Aleshkovskaya Sich (1711-1734). Sidoqoftë, ato nuk zgjatën shumë.
Në 1733, kur, pas shpërthimit të luftës midis Perandorisë Ruse dhe Turqisë, Khan i Krimesë urdhëroi Kozakët e Alyoshkovskaya Sich të shkonin në kufirin rus, gjeneral Veisbakh (në atë kohë ai ishte i angazhuar në ndërtimin e Ukrainës vija e kështjellave) u paraqitën Kozakëve një certifikatë në traktin Krasny Kut, 4 distanca nga Chertomlytskaya Sich e vjetër. Kozakët morën një letër nga Perandoria Anna Ioannovna për faljen dhe pranimin në shtetësinë ruse. Si rezultat, u krijua Sich i Ri (Podpolnenskaya, ose Pidpilnyanskaya), ai ekzistoi deri në shkatërrimin përfundimtar të Sich Zaporozhye në 1775.
Sich i ri ishte shumë i ndryshëm nga ai i vjetër. Ajo u bë jo vetëm një organizëm ushtarak, por një ekonomik, politik. Kozakët morën vetëqeverisje të plotë dhe toka për t'u vendosur. U shfaqën struktura të reja - "palanques". Këto ishin një lloj "provincash" të Sich -it në Samara, Mius, Bug, Ingulets, etj. Çdo palanka drejtohej nga një kolonel, esaul dhe një nëpunës, të cilët ishin në varësi të Kosh. Ishte toka që u bë burimi kryesor i të ardhurave për Kozakët, jo rroga. Në afërsi të Sich "winterchaks" të vendosur - Kozakë të martuar, ata nuk kishin as të drejtën e votës në parlament, as të drejtën për t'u zgjedhur në detyrë dhe ishin të detyruar të paguanin "tym" në thesarin e Sich, domethënë, një lloji i taksës së familjes. Përveç Kozakëve të martuar, të huajt (kryesisht fshatarë, njerëz të varfër që kërkonin një jetë më të mirë), të ardhur nga provincat e Mëdha Ruse, Banka e Djathtë e Ukrainës dhe zotërimet turke, filluan të quheshin të tillë. Ata nuk konsideroheshin Kozakë, por ishin nënshtetas të Sich, furnizonin ushqim dhe paguanin 1 rubla në vit. Banorët e Sich jetonin nga peshkimi, gjuetia, blegtoria, bujqësia dhe tregtia. Përgjegjësi merrte të ardhura nga detyrimet për importin e mallrave, pronësinë e tokës, kullotat, peshkimin.
Kozakët iu bindën vetëm ligjeve të tyre, për çështje të vogla ata u gjykuan në palanketa, për çështje të rëndësishme - në koshevoy. Shkelësi mund t'i dorëzohej autoriteteve perandorake, por më shpesh ata vetë ndëshkoheshin, deri në dënimin me vdekje. Sich shpejt u bë një nga rajonet e lulëzuara të Rusisë. Pallatet ishin të mbuluara me fshatra dhe ferma.
Sidoqoftë, në Sich kishte gjithashtu kontradikta serioze midis përgjegjësit dhe golotit. Pra, qeveria cariste pothuajse menjëherë shkeli detyrimin për të dhënë çdo vit Sich 20 mijë rubla pagë. Tashmë në 1738, ata filluan të japin vetëm 4-7 mijë. Pjesa tjetër e parave u urdhërua të paguhej nga fondet e ushtrisë, por ato ishin bosh. Si rezultat, autoritetet filluan të mashtrojnë - ata dhanë "publikisht" 4 mijë rubla, pjesa tjetër e parave u transferua fshehurazi tek përgjegjësit, kryetarët e kurenëve. Sidoqoftë, Kozakët mësuan shpejt për këtë: në 1739, koshevoy Tukal dhe pleqtë përmbysën, rrahën dhe plaçkitën pronën e tyre (koshevoy u rrah aq keq saqë shpejt vdiq). Në të ardhmen, drejtuesit vazhduan të pasurohen. Në veçanti, koshevoy Kalnyshevsky dikur shiti 14 mijë kuaj nga tufat e tij. Kozakët e zakonshëm ishin në varfëri, të gjitha përfitimet shkuan në favor të përgjegjësit.
Kozakët e zakonshëm punuan për përgjegjësin, peshkuan, dhe "gaidamastvo", domethënë grabitja, gjithashtu u zhvilluan. Në kufijtë e poshtëm të Bug, kufijtë rusë, turq dhe polakë u mblodhën, gjë që ndihmoi të fshihej pas plaçkitjes. Në vitet 1750 dhe 1760, Gaidamache u bë një fatkeqësi e vërtetë në këtë rajon. Njerëzit thjesht kishin frikë të udhëtonin nëpër rajonin e Bug. Ankesat për Kozakët po vinin nga Turqia dhe Polonia. Udhëzimet e autoriteteve perandorake ishin thjesht "zbritje në frena". Tregtia ishte shumë fitimprurëse, dhe shumë nga përgjegjësit dhe administrata e pallateve ishin në këtë pjesë. Kur në 1760, nën presionin e autoriteteve ruse, Koshevoy Beletsky organizoi një bastisje për të kapur grabitësit, vetëm 40 persona ishin në gjendje të arrestonin. Dhe madje edhe atëherë atamanët e kurenit i ndaluan dhënien e tyre, i çmontuan në kuren dhe, pas pendimit, i liruan. Kur komanda ushtarake ruse vendosi patrullimin e kufirit me kalorësinë e rregullt dhe kozakët periferikë, filluan përleshjet e armatosura.
Një arsye tjetër për konfliktin midis Sich dhe qeverisë qendrore u shfaq. Gjatë kësaj periudhe, pati një zhvillim aktiv të zonave më parë të zbrazëta të Fushës së Egër dhe Kozakët filluan të mbrojnë tokat e tyre "të ligjshme". Ata i bazuan pretendimet e tyre në një të rreme - "një kopje nga letra e Stefan Batory", i cili dyshohet se u dha atyre tokë pranë qytetit Chigirin, përgjatë Samarës dhe Bugut Jugor, bregu i majtë i Dnieperit në Seversky Donets. Dhe meqenëse sovranët rusë, duke filluar me Alexei Mikhailovich, konfirmuan "liritë e mëparshme të Zaporozhye", vetë fjala "liritë" filloi të interpretohet në një kuptim territorial. Kozakët Zaporozhian, duke mbrojtur tokat e tyre "të ligjshme", nuk u ndalën në përdorimin e forcës. Ata dogjën disa vendbanime të reja, shpërndanë fshatarët. Si rezultat, Kozakët thjesht u bënë të pacipë, duke sfiduar qeverinë qendrore. Sidoqoftë, nën Elizabeth dhe Hetman Razumovsky, ata u larguan me të.
Nën Katerinën II, situata ndryshoi. Ajo mori seriozisht çështjet e Ukrainës së lirshme. Në 1763, Hetman Razumovsky, i cili la të kuptohej për statusin trashëgues të postit të tij, dha dorëheqjen "me vullnetin e tij të lirë". Kolegjiumi i Vogël Rus u rivendos. Gjenerali P. A. Rumyantsev u emërua president i tij. Ai gjeti një fotografi të kolapsit të plotë në Ukrainë. Elita ushtarake, e cila sundoi në emër të Razumovsky, doli plotësisht jashtë kontrollit. Përgjegjësit u shndërruan në fisnikë të plotfuqishëm, "princër" të vërtetë lokalë. Ata arritën në atë pikë që ata luftuan me njëri -tjetrin, duke sfiduar tokën, duke armatosur Kozakët dhe fshatarët. Popullsia iu nënshtrua një shfrytëzimi të pamëshirshëm. Kozakët e zakonshëm ose falimentuan, u shndërruan në punëtorë të fermave, ose merreshin me bujqësi personale. Dekreti i vitit 1721 për inkurajimin e distilimit të Kozakëve pati një efekt negativ në trupat. Shumë njerëz pinin veten për vdekje, të tjerët pinin tokat e tyre duke pirë. Si rezultat, ushtria e vogël ruse u dekompozua. Rumyantsev nuk mund të organizonte as postën: të pasurit nuk donin të shërbenin, të varfërit nuk kishin mundësi.
Ishte e nevojshme të merreshin masa për të rivendosur aftësinë luftarake të trupave lokale. Në 1764, ata filluan të transformojnë njësitë e Kozakëve në ato të rregullta. Nga regjimentet ukrainase, u krijuan 5 hussarë: të Zi, të Verdhë, Blu, Serbë dhe Ugorsky. Për më tepër, u krijuan katër regjimente pikinersky (Elisavetgradsky, Dneprovsky, Donetsk dhe Lugansky). Më vonë, u krijuan disa regjimente të tjera hussar dhe Landmilitia u riorganizua në njësi këmbësorie. Në tërësi, Ukraina duhej të humbiste statusin e saj të veçantë dhe të barazohej me krahinat e tjera ruse. Ulja në këto plane ishte një pengesë serioze.
Vëmendja u tërhoq gjithashtu për "shtetin brenda shtetit" - Sich Zaporozhye. Në 1764, Kosh ishte në varësi të Kolegjiumit të Vogël Rus. Administrata e Zaporozhye u vlerësua se nuk mbante më zgjedhje. Kozakët ishin të indinjuar dhe, në kundërshtim me udhëzimet, mbajtën zgjedhje të reja, duke zgjedhur Kalnyshevsky si koshevsky. Koshevoy i ri shkoi në Shën Petersburg pa leje për të kërkuar nënshtrim të drejtpërdrejtë të Kolegjiumit të Huaj dhe ngritjen e çështjes së tokave "ligjore" të Zaporozhye. Rumyantsev sugjeroi që Perandoria të arrestonte delegatët. U hartua një draft reformë e Sich. Sidoqoftë, Katerina nuk mori masa të ashpra, një luftë e re me Turqinë po afrohej, ata nuk donin të komplikonin situatën në jug. Perandoresha priti delegacionin me dashamirësi. Kjo frymëzoi Kozakët, duke u kthyer në Sich ata filluan të mburreshin se e kishin "frikësuar" qeverinë.
Në 1767, u mor një denoncim se Koshevoy Kalnyshevsky dhe nëpunësi Ivan Globa ishin dakord të hynin në negociata me Sulltanin turk nëse qeveria nuk i përmbushte kërkesat e tyre. Katerina e la denoncimin pa pasoja, por fati i Sich ishte tashmë një përfundim i paracaktuar. Zgjidhja e problemit u shty vetëm deri në fund të luftës me Perandorinë Osmane.
Udhëheqja Sich vetë përkeqësoi pozicionin e saj të pasigurt. Ajo jo vetëm që sfidoi autoritetet ruse, por gjithashtu hyri në kontakt me Krimesë dhe Turqinë. Në prag të luftës, Kozakët morën letra nga Bakhchisarai dhe Stambolli, në të cilat ata u tunduan me mundësinë e kalimit në shërbim të Turqisë, duke premtuar një pagë të trefishtë. Emisari francez Totleben vizitoi Sich në emër të Sulltanit. Kalnyshevsky refuzoi turqit, por nuk e ndërpreu korrespondencën. Për më tepër, ai lejoi Totleben të fliste me Kozakët dhe nuk e tradhtoi atë tek Rumyantsev. Konfuzioni filloi midis masës së Kozakëve. Kur, në Dhjetor 1768, Kozakët u udhëzuan të fillonin një luftë me Turqinë, ata u rebeluan. Kalnyshevsky nuk duhej vetëm të shtypte rebelimin, por të kërkonte ndihmë nga garnizoni rus nga shkurtimi i Novosechensky. Trazirat vazhduan për disa muaj, Kozakët u larguan nga kufijtë, dhe Tatarët depërtuan në Ukrainë në Janar 1769.
Në luftën ruso-turke të 1768-1774. 10 mijë Kozakë morën pjesë (rreth 4 mijë të tjerë mbetën në territorin e Sich). Në luftë, ata treguan cilësi të larta luftarake, u dalluan në zbulim dhe sulme dhe luajtën një rol të rëndësishëm në betejat e Larga dhe Cahul. Fitorja në këtë luftë ishte një arsye tjetër për eliminimin e ushtrisë Zaporozhye. Me përfundimin e marrëveshjes Kuchuk-Kainardzhiyskiy, Perandoria Ruse fitoi hyrje në Detin e Zi, u krijua vija mbrojtëse e Dnieper, Khanati i Krimesë ishte në prag të shkatërrimit. Armiku i dytë historik i Rusisë, Polonia Katolike, humbi fuqinë e saj, dhe në 1772 u bë ndarja e saj e parë. Kozakët e Zaporozhye humbën rolin e tyre si mbrojtës të kufijve jugorë.
Në maj 1775, trupi i gjeneral Peter Tekeli u zhvendos në Sich. Operacioni ishte pa gjak. Pleqtë, duke kuptuar se rezistenca ishte e kotë, së bashku me priftërinjtë, qetësuan Kozakët e nivelit të lartë. Me dekretin e Katerinës, Zaporizhzhya Sich u shfuqizua. Kozakët e zakonshëm nuk u persekutuan. Disa mbetën në Ukrainë dhe u vendosën në fshatra dhe qytete. Disa nga komandantët morën grada oficerësh, përgjegjësit u bënë fisnikë. Vetëm tre Kozakë - Kalnyshevsky, gjyqtari ushtarak Pavel Golovaty dhe nëpunësi Globa u dënuan me akuza për tradhti dhe u internuan në manastire. Kalnyshevsky jetoi në Manastirin Solovetsky deri në moshën 112 vjeç dhe vdiq në 1803, duke marrë dinjitetin monastik.
Një pjesë e Kozakëve shkuan në Danub nën sundimin e Sulltanit turk dhe u krijua Sich Transdanubian. Në 1828, Kozakët Trans-Danub kaluan në anën e ushtrisë ruse dhe u falën personalisht nga Car Nikolla I. Prej tyre, u krijua ushtria e Kozakëve Azov. Në Rusi, gjatë luftës me Turqinë, Alexander Suvorov në 1787-1788. nga Kozakët e ish -Sich dhe pasardhësit e tyre, ai organizoi "Ushtrinë e Zaporozhianëve Besnikë". Në 1790 u shndërrua në ushtri Kozakësh të Detit të Zi dhe më pas mori territorin e bregut të majtë Kuban. Kozakët morën pjesë aktive në Luftën Kaukaziane dhe luftërat e tjera të Perandorisë Ruse.